L'origine du village des Hauts-Geneveys est incertaine.
La tradition veut qu'en 1291 des Genevois fuyant un incendie de leur ville se soient installés dans le Val-de-Ruz, alors fort peu peuplé. Ils bâtirent 3 villages, auxquels ils donnèrent le nom du lieu de leur origine, à savoir : Les Geneveys-sur-Coffrane, Les Geneveys-sur-Saint-Martin et Les Geneveys-sur-Fontaines, devenus Les Hauts-Geneveys en 1573.
Toutefois, les historiens sont contraints de dire qu'il s'agit d'une tradition invérifiable : Il n'y a aucune trace d'un incendie à Genève en 1291, ni de trace de réfugiés genevois dans le pays de Neuchâtel à cette époque.
Pourtant nous pouvons affirmer que dès les origines, les habitants des Geneveys jouissent de privilèges assez considérables. Ils n'étaient ni taillables , ni corvéables . Ils étaient ce que l'on appelait alors dans la région " des francs-habergeants ". Boyve, l'annaliste de la Comté, décrit ainsi leurs obligations à l'égard du souverain: " Leur redevance était d'une journée de fauche dans le Breuil du seigneur par chaque année et une fois aux vendanges, un charroi pour amener le vin du seigneur depuis la côte de Neuchâtel à Valangin. En outre, ils devaient encore une poule, un char de bois par famille, un batz par chaque mère brebis".
Possesseurs de certaines franchises, les hommes francs du Val-de-Ruz, ceux des Geneveys en particulier, sentirent au cours du 15ème siècle le besoin d'avoir un protecteur capable de défendre, contre les empiétements du seigneur, leur liberté et leurs droits, Il n'est donc pas étonnant que le 26 septembre 1475, ils aient signé un traité de combourgeoisie avec la puissante cité de Berne et qu'en échange de la protection accordée, ils se soient engagés à payer chaque année, le jour de la Saint-André, un bon marc d'argent ou sept florins du Rhin. Ce traité, dont l'efficacité se fit sentir les années suivantes à propos de contestations avec le prince, dura jusqu'en 1709, date à laquelle les droits enviés des bourgeois de Valangin furent accordés à tous les communiers des différentes communes de l'ancienne seigneurie.
En 1488, Tête de Ran et les Frêtes font l'objet d'une mise en pâturage en faveur des communautés de Fontaines et des Geneveys, toutes deux peuvent y faire estiver leur bétail et exploiter le bois.
C'est en 1573 que les Geneveys ou les Geneveys-sur-Fontaines sont devenus Les Hauts-Geneveys.
En 1806, comme d'autres localités de la principauté, le village va devoir héberger les troupes du général Oudinot, qui occupent le pays au nom de Napoléon. Chaque famille a hébergé en moyenne un soldat pendant 30 jours et un cheval pendant 17,5 jours. A cela s'ajoutent les réquisitions en hommes et chevaux pour ouvrir le chemin de La Vue-des-Alpes. Cette occupation militaire a posé des problèmes d'approvisionnement, car la production indigène ne représentait que 15 % des besoins.
Les Hauts-Geneveys ont toujours fait partie de la paroisse de Fontaines. Quoique bien éloigné du temple paroissial, le village des hauts-Geneveys n'avait pas le privilège de posséder un édifice qui puisse vraiment être désigné sous le nom de chapelle; ce qui était appelé ainsi n'était qu'une salle, assez grande, sise dans l'Hôtel de Commune, bâtiment qui abritait en plus un bistrot, le logement du tenancier, un rural, mais aussi plus tard un débit de sel, une salle pour assemblées, une forge, un débit de viande, la chambre du régent et même un cachot.
C'est dans un document daté du 13 mai 1701 que nous trouvons la première mention de l'existence d'une salle de culte aux Hauts-Geneveys, nous apprenons que dans la maison possédée jusqu'à ce moment par Jean Malenjoie dit Savoye, et que la commune acquérait alors par échange, se trouvait une chambre au second étage, dans laquelle ceux des hauts-Geneveys s'assemblaient pour entendre les prédications ou prêches de sieur ministre de Fontaines.
Relevons que du texte même de cet ate d'échange, il résulte que la commune des hauts-Geneveys, en acquérant l'immeuble, a accepté une servitude qui ne prendra fin qu'avec les derniers jours de 1931, au moment où la Chapelle actuelle a été inaugurée.
Actuellement, l'administration communale est abritée dans un nouveau bâtiment inauguré en 1993; auparavant elle se trouvait dans le collège, édifice construit en 1895 et entièrement rénové en 1957, puis en 2002.
La gare du chemin de fer fut achevée en 1859 (ligne du Jura industriel). En 1903, la diligence est remplacée par un tramway accomplissant le trajet jusqu'à Villiers; il cède à son tour la place au trolleybus en 1948, puis à l'autobus dès 1986.
